Qu'est-ce que la microfaune aquatique?
- Bac Naturel
- 28 mai
- 7 min de lecture
Dernière mise à jour : 12 juin

🌿🦠La microfaune est la constitution de nombreux petits organismes vivants invisibles à l’œil nu, mais essentiels pour la santé et l’équilibre des écosystèmes aquatiques, notamment dans nos aquariums naturels. Ces créatures jouent un rôle fondamental dans le recyclage des nutriments, la décomposition des déchets et la chaîne alimentaire.
Voici les principales espèces de microfaune que vous pouvez rencontrer en eau douce en France, avec leurs caractéristiques et conseils pour les observer ou les maintenir.
🦠 Paramécie (Paramecium)

🔍 Description générale
La paramécie est un protozoaire cilié en forme de goutte, mesurant entre 50 et 350 µm. Elle se déplace grâce à ses cils vibratiles et est très commune dans les eaux stagnantes et les aquariums.
🍽️ Alimentation
Elle se nourrit de bactéries, micro-algues et débris organiques, jouant un rôle important dans le nettoyage de l’eau.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 15–30 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–20 °dGH
🪨 Milieu : eau douce, riches en matières organiques et bactéries
💡 Éclairage : faible à modéré
🌬️ Oxygénation : bien oxygénée
🐠 Compatibilité : compatible avec la plupart des petits organismes non prédateurs
🐛 Amibe (Amoeba proteus)

🔍 Description générale
L’amibe est un protozoaire unicellulaire d’environ 250 µm, caractérisée par ses mouvements amiboïdes grâce à des extensions de cytoplasme appelées pseudopodes.
🍽️ Alimentation
Elle capture ses proies (bactéries, petits protozoaires) par phagocytose et décompose la matière organique.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 15–25 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–15 °dGH
🪨 Milieu : eaux douces riches en matière organique
💡 Éclairage : faible
🌬️ Oxygénation : modérée à bonne
🐠 Compatibilité : non agressive, sensible aux prédateurs
🌪️ Vorticelle (Vorticella)

🔍 Description générale
La vorticelle est un protozoaire cilié en forme de cloche avec un pied contractile, mesurant environ 50–150 µm. Elle vit souvent fixée sur des plantes ou débris.
🍽️ Alimentation
Elle filtre l’eau pour se nourrir de bactéries et particules fines.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 15–28 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–20 °dGH
🪨 Milieu : surfaces immergées en eau douce
💡 Éclairage : faible à modéré
🌬️ Oxygénation : bonne oxygénation nécessaire
🐠 Compatibilité : compatible avec poissons calmes et invertébrés non agressifs
🎡 Rotifère (Rotifera)

🔍 Description générale
Les rotifères sont de petits organismes multicellulaires de 50 à 500 µm, munis d’une couronne de cils vibratiles qui crée un courant d’eau pour la nourriture.
🍽️ Alimentation
Ils consomment des algues, bactéries et débris organiques.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 15–28 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–20 °dGH
🪨 Milieu : eaux douces riches en nutriments
💡 Éclairage : faible à modéré
🌬️ Oxygénation : bien oxygénée
🐠 Compatibilité : non agressifs, utiles dans les bacs naturels
🦐 Cyclope (Cyclops)

🔍 Description générale
Le cyclope est un petit crustacé d’eau douce, mesurant entre 1 et 3 mm, reconnaissable à son œil unique central.
🍽️ Alimentation
Omnivore, il se nourrit de micro-algues, bactéries et petits invertébrés.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 10–25 °C
🔬 pH : 6,0–8,5
💧 Dureté : 5–20 °dGH
🪨 Milieu : eau douce bien oxygénée avec végétation
💡 Éclairage : modéré
🌬️ Oxygénation : bonne
🐠 Compatibilité : bon pour la chaîne alimentaire, compatible avec poissons calmes
🦐 Copépode (Copepoda)

🔍 Description générale
Les copépodes sont de petits crustacés mesurant de 0,5 à 3 mm, très répandus dans les eaux douces.
🍽️ Alimentation
Ils se nourrissent de micro-algues, bactéries et matière organique.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 15–28 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–15 °dGH
🪨 Milieu : eaux riches en végétation et matière organique
💡 Éclairage : modéré
🌬️ Oxygénation : bonne
🐠 Compatibilité : très utile dans les aquariums naturels
🦐 Ostracode (Ostracoda)

🔍 Description générale
Les ostracodes, ou "clam shrimp", sont des petits crustacés avec une carapace bivalve, mesurant de 0,5 à 3 mm, souvent présents dans les sols aquatiques.
🍽️ Alimentation
Décomposeurs et omnivores, ils consomment débris organiques, bactéries et micro-algues.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 10–25 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–15 °dGH
🪨 Milieu : substrat riche en matière organique
💡 Éclairage : faible à modéré
🌬️ Oxygénation : tolèrent faible oxygène
🐠 Compatibilité : adaptés aux bacs naturels
🦐 Daphnie (Daphnia)

🔍 Description générale
Les daphnies sont des petits crustacés transparents, mesurant environ 1 à 5 mm, connus comme "puces d’eau".
🍽️ Alimentation
Filtrent les micro-algues et bactéries.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 15–25 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–15 °dGH
🪨 Milieu : eaux douces riches en végétation
💡 Éclairage : modéré
🌬️ Oxygénation : bonne
🐠 Compatibilité : nourriture pour petits poissons et autres invertébrés
🦐 Gammare (Gammarus)

🔍 Description générale
Les gammare sont des petits crustacés décapodes, mesurant de 5 à 20 mm, ressemblant à de petits crabes.
🍽️ Alimentation
Décomposeurs, ils consomment feuilles mortes, algues et petits invertébrés.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 10–20 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–15 °dGH
🪨 Milieu : substrat rocheux et feuilles en décomposition
💡 Éclairage : faible à modéré
🌬️ Oxygénation : bonne
🐠 Compatibilité : compatibles avec poissons non agressifs
🦐 Aselle (Asellus aquaticus)

🔍 Description générale
L’aselle est un crustacé isopode d’eau douce, mesurant entre 5 et 15 mm, avec un corps aplati et segmenté.
🍽️ Alimentation
Décomposeur, il se nourrit de matières organiques mortes, algues et bactéries.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 10–22 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–15 °dGH
🪨 Milieu : substrat vaseux et feuilles en décomposition
💡 Éclairage : faible
🌬️ Oxygénation : modérée à bonne
🐠 Compatibilité : bon pour les bacs naturels
🐛 Tubifex (Tubifex tubifex)

🔍 Description générale
Le tubifex est un ver annelé rouge, mesurant entre 2 et 4 cm, vivant enfoui dans les sédiments d’eau douce.
🍽️ Alimentation
Filtreur et détritivore, il consomme matière organique en décomposition.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 10–22 °C
🔬 pH : 6,5–8
💧 Dureté : 5–15 °dGH
🪨 Milieu : substrat vaseux riche en matières organiques
💡 Éclairage : faible
🌬️ Oxygénation : tolère faibles niveaux d’oxygène
🐠 Compatibilité : utiles en aquariums naturels
🐛 Vers aquatiques (divers vers annelés)

🔍 Description générale
Les vers aquatiques sont des annélides souvent visibles dans les sédiments, mesurant quelques millimètres à plusieurs centimètres.
🍽️ Alimentation
Décomposeurs, ils participent à la dégradation de la matière organique.
⚙️ Paramètres de maintenance
🌡️ Température : 10–25 °C
🔬 pH : 6,0–8,5
💧 Dureté : variable selon espèces
🪨 Milieu : substrats riches en matière organique
💡 Éclairage : faible
🌬️ Oxygénation : tolèrent faibles niveaux d’oxygène
🐠 Compatibilité : adaptés aux bacs naturels
Tableau de classement des espèces selon leurs plages de températures idéales :
Aquariums tempérés (sans chauffage, environ 10–22 °C)
Aquariums tropicaux (chauffés, environ 25–30 °C)
Espèce | Température optimale | Catégorie d'aquarium |
Paramécie | 15–30 °C | Tempéré / Tropical |
Amibe | 15–25 °C | Tempéré / Tropical (limite) |
Vorticelle | 15–28 °C | Tempéré / Tropical |
Rotifère | 15–28 °C | Tempéré / Tropical |
Cyclope | 10–25 °C | Tempéré |
Copépode | 15–28 °C | Tempéré / Tropical |
Ostracode | 10–25 °C | Tempéré |
Daphnie | 15–25 °C | Tempéré / Tropical (limite) |
Gammare | 10–20 °C | Tempéré |
Aselle | 10–22 °C | Tempéré |
Tubifex | 10–22 °C | Tempéré |
Vers aquatiques | 10–25 °C | Tempéré |
Nématode | 15–25 °C | Tempéré / Tropical (limite) |
Hydre d’eau douce | 10–25 °C | Tempéré |
Planaire | 15–25 °C | Tempéré |
Remarques :
Beaucoup d’espèces ont une plage de température assez large et peuvent survivre aussi bien en aquariums tempérés qu’en aquariums tropicaux.
Certaines espèces comme le paramécie, la vorticelle, les rotifères et les copépodes supportent très bien les températures tropicales (jusqu’à 30 °C).
Les espèces comme le gammare, l’aselle, le tubifex ou l’ostracode préfèrent plutôt les températures tempérées, avec un maximum conseillé autour de 22 °C.
Les espèces des aquariums tempérés seront adaptées aux bacs non chauffés ou aux biotopes européens naturels.
❓ Les espèces qui meurent lors d'une montée de température estivale réapparaîtront-elles lorsque la température baissera ?
La question de la résilience de la microfaune aquatique face aux épisodes de chaleur estivale est complexe et dépend de plusieurs facteurs, notamment la durée et l'intensité de la chaleur, ainsi que la capacité de recolonisation des espèces.
🔄 Recolonisation par des propagules
Certaines espèces aquatiques, notamment les invertébrés, peuvent se recoloniser après des perturbations grâce à des propagules (œufs, larves, etc.) qui survivent dans le substrat ou sont transportées par le courant. Par exemple, la dérive des invertébrés aquatiques est un phénomène naturel où les organismes sont déplacés en amont ou en aval, permettant une recolonisation des zones affectées .Wikipédia
⚠️ Risques de disparition permanente
Cependant, certaines espèces sont particulièrement vulnérables aux variations de température. Les décapodes d'eau douce, tels que les crevettes et les écrevisses, sont menacés de disparition, avec environ 30% des espèces risquant l'extinction . Ces espèces ont une faible capacité de recolonisation et peuvent ne pas revenir si les conditions deviennent trop extrêmes ou si les habitats sont dégradés.BFMTV
🌡️ Importance de la gestion thermique
Pour favoriser la survie et la recolonisation de la microfaune aquatique, il est essentiel de maintenir une température stable et appropriée dans l'aquarium. Des fluctuations thermiques importantes peuvent perturber les cycles de reproduction et la survie des espèces sensibles.
✅ En résumé
Recolonisation possible : Certaines espèces peuvent revenir grâce à des œufs ou larves résistants, ou par déplacement naturel.
Risque de disparition : Les espèces vulnérables, comme les décapodes d'eau douce, peuvent disparaître définitivement si les conditions deviennent défavorables.
Gestion thermique cruciale : Maintenir une température stable et adaptée est essentiel pour la survie et la recolonisation de la microfaune aquatique.
🌡️🐠 Conseils pour maintenir une température optimale dans votre aquarium
Surveillez régulièrement la températureUtilisez un thermomètre précis pour vérifier quotidiennement la température de votre aquarium, surtout pendant les périodes chaudes. Cela vous permettra d’anticiper les variations et d’agir rapidement.
Protégez votre aquarium contre la surchauffe estivale
Placez votre aquarium loin des fenêtres exposées au soleil direct.
Utilisez des rideaux ou stores pour limiter l’exposition lumineuse excessive.
Ventilez la pièce ou utilisez un ventilateur pour faire circuler l’air autour de l’aquarium.
Refroidissez votre bac en cas de forte chaleur
Utilisez un refroidisseur d’aquarium (chiller) si nécessaire.
Ajoutez des glaçons dans un sac plastique bien fermé et flottant dans l’aquarium pour faire baisser temporairement la température.
Effectuez des changements d’eau avec de l’eau fraîche (mais pas froide) pour abaisser progressivement la température.
Aménagez votre bac pour plus de fraîcheur
Ajoutez des plantes à larges feuilles qui créent de l’ombre dans le bac.
Intégrez des racines et des feuilles mortes pour favoriser un microhabitat frais.
Privilégiez un substrat naturel qui retient mieux l’humidité et limite la chaleur.
🔄🌱 Favorisez la recolonisation de la microfaune après un épisode de chaleur
Introduisez des matières organiques naturelles : Les feuilles mortes, bois et autres débris naturels favorisent la prolifération des œufs et larves de microfaune.
Évitez les traitements chimiques : Les pesticides, insecticides ou anti-algues peuvent tuer la microfaune ou empêcher sa recolonisation.
Introduisez progressivement des micro-organismes
Vous pouvez ajouter des prélèvements d’eau ou de substrat provenant d’un autre bac sain ou d’un milieu naturel non pollué.
Veillez à ce que ces prélèvements proviennent d’un environnement compatible afin d’éviter d’introduire des pathogènes.
Favorisez un écosystème stable : Un bon équilibre entre plantes, poissons et microfaune assure un environnement propice à la reproduction et au maintien des espèces.
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